法律分析：签订合同的方式不同。签订人事代理合同的员工，不是与单位直接签订协议，而是与中介劳务派遣公司签订的劳动合同。合同工虽然不是单位的正式员工，但是是与单位直接签订的劳动合同。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第十六条 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。建立劳动关系应当订立劳动合同。
第十七条 订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行规的规定。劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
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